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Den Anstoß zur Gründung eines Heimatmuseums gab das Vermächtnis des Obergünzburger Malers Johannes Kaspar (1822-85). Nach seinem Tod hinterließ er der Marktgemeinde zahlreiche Ölgemälde, Skizzen und Zeichnungen.
Ergänzt wurde diese Gemäldesammlung 1888 durch elf Ölgemälde des einheimischen Künstlers Benedikt Kiechle. In den folgenden Jahren konnten die Bestände durch mehrere Stiftungen beträchtlich erweitert werden. Seit den 60er Jahren ist die Sammlung im alten Pfarrhaus und im Pfarrstadel ausgestellt.
Auf über 500 m² Ausstellungsfläche wird im Haupthaus die Römerzeit und das Hochmittelalter mit Grabungsfunden im Keller, Kirchengeschichte, Bruderschaften und Wallfahrtswesen sowie die Stiftskemptische Zugehörigkeit im EG gezeigt.
Im 1. Stock wird das Marktwesen, Nachtwächter, die bayerische Zugehörigkeit, Zunft und Gewerbe mit Strumpfwirker und Salitererhandwerk präsentiert. Daneben die Musikabteilung unter anderem mit Pyramidenflügel, historische Kleidung und Vereinswesen.
In der Gemäldesammlung im 3. Stock sind neben den Nazarener Bildern Panoramen von Gg. Roggenhofer und die Kiechle Gemälde zu sehen.
Eine Spezialsammlungen befindet sich im Pfarrstadel. Neben den Handwerkerstuben kann man auch die Südseesammlung von Kapitän Karl Nauer (1874-1962) bewundern.
In den zehn Jahren, in denen Kapitän Karl Nauer in der Südsee seinen Liniendienst versah, sammelte er intensiv Gebrauchsgegenstände und kunsthandwerkliche Arbeiten der Eingeborenen aus der Region Melanesiens sowie naturkundliches Anschauungsmaterial. 1913 übergab er diese ethnographische Sammlung der Marktgemeinde.